Madrasah Damai secara rutin dan kontinyu melaksanakan berbagai kegiatan yang ditujukan untuk mempromosikan perdamaian dan menggiatkan aksi perdamaian di kalangan santri maupun masyarakat umum..Kegiatan-kegiatan meliputi pengajian, kajian, penelitian pada isu-isu moderasi dan perdamaian, pelatihan fasilitator dan penggerak perdamaian, workshop motivasi, get togother lintas agama dan wisata lintas agama.